Pengkajian Kapasitas Kelembagaan. YAPPIKA telah berpengalaman selama tujuh tahun dalam melakukan pengkajian kapasitas kelembagaan menggunakan beberapa alat seperti Organizational Development Snap Shot Tool (ODST), Transparansi NGO (TANGO), dan alat yang kami kembangkan sendiri yaitu Organizational Capacity Performance and Assessment Tool (OCPAT). Dengan OCPAT dan ODST, YAPPIKA telah mengkaji lebih dari 100 organisasi nirlaba di Indonesia sejak tahun 2009 hingga saat ini. Hasil-hasil kajian tersebut telah dilakukan review sistematis untuk mencari pembelajaran tentang kapasitas organisasi nirlaba Indonesia dan model pengembangan kapasitas kelembagaan yang dibangun berdasarkan berbagai praktik dari organisasi-organisasi tersebut.
Pengelolaan dana hibah. YAPPIKA memiliki pengalaman mengelola dana hibah berjumlah besar terhitung sejak 1991 serta bekerja sama dengan lebih dari 300 mitra di berbagai daerah di Indonesia. YAPPIKA mempunyai pengalaman mengelola dana hibah yang berasal dari CIDA (sekarang DFATD), UNDP, USAID, dan AUSAID (sekarang DFAT).
Pengelolaan jaringan. YAPPIKA berpengalaman dalam mengelola jaringan advokasi nasional. Jaringan yang pernah dikelola adalah Koalisi Ornop untuk RUU Yayasan, Koalisi Kebijakan Partisipatif (KKP), dan Jaringan Demokrasi Aceh (JDA). Jaringan advokasi yang masih dikelola hingga saat ini adalah Masyarakat Peduli Pelayanan Publik (MP3) dan Koalisi Kebebasan Berserikat (KKB).
Fasilitasi. YAPPIKA berpengalaman dalam melakukan fasilitasi, yaitu memandu proses kegiatan untuk mencapai tujuan yang diharapkan. Kegiatan-kegiatan yang pernah difasilitasi YAPPIKA adalah lokakarya perencanaan strategis (strategic planning) lembaga atau jaringan, lokakarya pengembangan program, pertemuan nasional, penyusunan SOP keuangan seperti yang pernah dilakukan untuk DFID, KPSHK, ODI, Rahima, Yayasan Pelangi Indonesia, para mitra The Asia Foundation, dan lain-lain.
Riset Kesehatan Masyarakat Sipil. YAPPIKA memiliki pengalaman melakukan riset untuk mengkaji kesehatan masyarakat sipil di suatu wilayah, baik nasional maupun kabupaten/kota menggunakan alat Indeks Masyarakat Sipil (IMS) yang dikembangkan oleh CIVICUS. Sejak tahun 2004 – 2013, secara rutin, YAPPIKA melakukan pengkajian kesehatan masyarakat sipil di 16 kabupaten/kota. Hasil-hasil kajian tersebut digunakan sebagai data dasar, monitoring, dan evaluasi program yang dikembangkan oleh ACCESS – DFAT di wilayah kerja mereka.
Konsultasi. YAPPIKA cukup berpengalaman dalam melakukan konsultasi publik bagi suatu organisasi yang ingin mengembangkan strategi program maupun organisasinya. Jasa konsultasi YAPPIKA pernah diberikan kepada CIDA, FKKM, DFID, Yayasan Pikul untuk pengembangan struktur kelembagaan. Konsultasi untuk meningkatkan kapasitas lembaga pernah diberikan kepada mitra Program SERASI IRD/USAID untuk pengelolaan keuangan lembaga. Jasa konsultasi untuk evaluasi sebuah program, pernah diberikan kepada BAPPENAS/UNDP untuk evaluasi bantuan internasional untuk pemilu 2009.